Terjadi resiko virulensi yang lebih besar selama perkembangbiakan virus di dalam vaksin. Walaupun hal ini tidak terbukti sebagai masalah, tetapi potensi tetap ada.
Penyimpanan dan keterbatasan hidup vaksin sebelum masa kadaluarsa, akan tetapi, masalah ini dapat diatasi dengan stabilisator virus, misalnya MgCl2 untuk vaksin polio
Terjadi pencemaran visrus lain di dalam vaksin
Adanya gangguan replikasi virus vaksin akibat adanya infeksi virus luar yang terjadi bersamaan, sehingga menyebabkan berkurangnya efektivitas vaksin.
